Todo o material utilizado neste atlas, seja ele visualizado através de microscopiade luz ou eletrônica, teve que ser fixado logo após a sua obtenção. O processo de fixação varia um pouco, dependendo do propósito e do equipamento a ser usado para a análise, mas de  maneira geral, o material visualizado em microscopia de luz é fixado em solução de formaldeído a 10% em solução tamponante. Já o material observado em microscopia eletrônica é fixado em Glutaraldeído a 2,5% e paraformaldeído a 4% também em solução tamponante. O material foi mantido nestas soluções por períodos que variavam de 1 a 24 horas à 4 ⁰C.  

 Após o processo de lavagem, desidratação e inclusão em resina, (que também varia se a preparação for para a visualização em microscopia de luz ou eletrônica de transmissão) o material é cortado. Na microscopia de luz,  utiliza-se um aparelho conhecido como micrótomo e são obtidos cortes com espessura variável, em torno de alguns micrômetros (6-10mm).

 Depois do processo de microtomia, o material destinado a microscopia de luz é, após ser colhetado em uma lâmina, desparafinizado e corado. Diversas colorações foram utilizadas no preparo deste Atlas. A coloração mais usada nos estudos Histológicos é a Hematoxilina & Eosina, conhecida como H&E. Nesta coloração, o núcleo celular cora-se normalmente em roxo pela Hematoxilina e o citoplasma em rosa pela Eosina.
    Após um período de secagem a lâmina deve ser montada. Sobre o corte se deposita uma gota de bálsamo e posteriormente a lamínula. A lâmina assim, está pronta para ser observada em  microscópio de luz.
 O material a ser observado na microscopia eletrônica de transmissão(MET) também deve ser cortado. O aparelho onde se realiza este trabalho é conhecido como Ultramicrótomo. Os cortes realizados pelo ultramicrótomo  são de algumas dezenas de nanômetros (1nm= 10^-3mm) para que possam ser atravessados pelo feixe eletrônico e observados ao MET. O material cortado pelo ultramicrótomo é colhetado em pequeníssimas grades e deve ser contrastado antes de ser observado. Para este fim, utilizam-se substâncias contendo metais de grande número atômico como chumbo, urânio e ósmio.